그 후 광해군 5년(1613)에 묘전(妙全) 스님 등이 대웅전, 용화전, 관음전, 나한전, 일주문, 심검당(현 원주실)을 건립하였다. 또한 1684년에는 해민(海敏) 화상이 비로전을, 1700년에는 명학 화상이 팔상전, 종루, 불이문, 보제루, 천왕문을 건립하였다. 이후에도 사세의 확장에 따라 크고 작은 개수 및 중수를 거듭하여 오늘에 이르렀다.

1800년대 말에 근세의 고승인 경허 성우스님을 중심으로 선풍진작을 통한 항일민족불교운동의 구심정이 되었다. 경허스님은 1900년에 범어사에 선원 개설을 주도하였다.

또한 범어사 주지 성월 스님은 1899년 범어사 금강암에 선원을 창설하고 다음해에는 안양암에, 1902년 4월에는 계명암에, 1906년 6월에는 원효암에, 1909년 1월에는 안심료에, 1910년 10월 대성암에 선원과 선회를 창설하여 선풍을 크게 진작시켰다.

1966년 2월 28일에는 대웅전 건물이 보물 제434호로 지정되었으며, 1969년에는 대웅전의 일부 목부가 교체되고 마루는 고쳐졌다.