금어선원 은 대웅전 중심공간에서 오른쪽 비로전과 미륵전 뒤편의 아늑한 뜨락에 자리잡고 있다.
선원 큰방 건물은 정면 6칸, 측면 3칸의 팔각지붕으로 수용인원은 25명 선이다.
금어선원은 경허 · 성월일전(惺月一全) · 영명혜일(永明慧日) · 도봉본연(道峰本然) · 침운현주(枕雲玄住) ·
구산(山) · 혜일혜명(慧日慧明) · 백용성(白龍城) · 추산선규(樞山善奎) · 보담(寶潭) · 성일계성(性日桂成) ·
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고암상언(古庵祥彦) · 지효(智曉) · 성수(性壽) · 능가(能嘉) · 화엄(華嚴) · 지유(知有) · 광덕(光德) 스님 등이
가부좌를 틀고 정진했던 명안종사의 산실이며 한국 선종의 심장부였다.
1910년에 제정된 ' 범어사 내원선원청규'는 당시의 서릿발 같은 가풍을 잘 보여 준다.

범어사 내원선원청규는 모두 14항목에 달하는 규범과 선원의 소임을 명확하게 규정하는 선사(禪社) 책임 항목으로 짜여져 있다.

규범의 1항에 총림의 진정한 목적은 직지인심 견성성불(直指人心 見性成佛)하여 장양성태(長養聖胎)하고 속불혜명(續佛慧命)하며 국가에 보은하고 광세제민에 주력할 것을 다짐하고 있다. 제2항은 연법종사(演法宗師)와 열중선화(悅衆禪和)의 책임이 결코 가볍지 않으므로 마땅히 고식원감자(高識遠鑑者)를 취택하여 소임을 맡긴다고 적었다. 제3항에는 조당(祖堂)과 원주(院主)를 선정할 때에는 전체 선원의 대중이 참여한 가운데 공천을 통해서 정해야 마땅하며 그 밖의 기타 소임은 당해 선원에서 선정할 것을 명기했다. 제4항에서는 선원에 입방을 하고자 할 때에는 조당과 열중과 원주 등 3인이 협의하여 결정하되 반드시 발심납자를 받아야 한다고 했다.

그 나머지 항을 모두 기록할 수는 없지만 그 내용을 요약하면 선학 참중은 내면을 성찰할 것이며, 동정에 귀를 기울이지 말 것이며, 태만하지 말 것이며, 방선 후라도 난잡하게 웃고 떠들지 말 것이며, 소란을 피우거나 대중의 화합을 깨는 사람은 선원에서 축출할 것이며, 긴요한 일이 없이는 남의 방에 함부로 출입하지 말 것이며, 해제를 한 후에 타지에 나가더라도 참선납자라는 위상을 항상 염두에 두고 행동하며 본선원의 중서를 갖추고 다닐 것이며, 특별한 일이 일어났을 경우 모든 선사(禪社)의 대중이 협의하여 아무런 허물이 없도록 일을 처리해 나갈 것이며, 미진한 조건은 차후로 보충할 것임을 명시한다.

선사 책임에 대한 규범은 다음과 같이 결정했다.

범어사 선원은 이렇게 선원청규를 제정한 후 직지인심 견성성불을 목적으로 해서 선학의 참구에 전력하기 시작했다. 이로부터 선풍은 크게 진작되었으며 출가한 납자들이 구름처럼 집결하여 일체의 상념을 정지하고 본질을 통찰하여 진여에 복귀하려는 노력을 한층 공고히 하게 되었다. 불조의 혜명과 수많은 조사들의 선지를 선양하기 위하여 수행을 게을리 한 적이 없다. 특히 동산 스님과 여러 선덕들의 유지를 계승해 나가기 위하여 일각, 일념 참선 정진을 게을리 하지 않는다. 오늘도 조당을 중심으로 선덕과 입승이 일체가 되어 상념을 정지하고 본질을 통찰하여 궁극적인 깨달음을 얻으려는 수행정진에 최선을 다하고 있다.